阿布基尔海战前在舰队流行的那股不服从命令的风气现在已蔓延到了陆军。8月18r，贝尔蒂埃命令梅努将他指挥的炮舰和战船j给新提升的海军少将佩雷指挥时，梅努大声反驳他的上司道：“我在这里已经是一无所有了，现在你又要我j出我惟一的能用于自卫的炮舰和战船……我正式表示拒绝。”
拿破仑在开罗的司令部尽可能将远征军面临的严峻形势和遭到的破坏程度秘而不宣。在得知布吕埃斯的舰队被击溃的消息后不久，拿破仑给法国驻科孚海峡总督沙博将军写信，命令他协助海军少将维尔纳夫（拿破仑相信他已经顺利逃往科孚海峡）“着手组建一支新的舰队”，以解救埃及远征军。同时，他却若无其事地告诉总督：“这里一切安好无事。”
拿破仑7月22r胜利夺取开罗后，便立即着手组建埃及新政府和行政机构，包括在新近攻克的省份任命军人总督。拿破仑住在厄尔费的宫廷里，指挥着埃及新政府的组建工作。宫廷里有热带植物的花园、马赛克的喷泉水池和精致的土耳其游廊。宫廷的高墙坚如城堡，其后院一直延伸到尼罗河畔。宫廷所处的地势易守难攻，占据开罗地区最险要的战略位置。在宫廷周围有许多建筑物，贝尔蒂埃和拿破仑的精锐卫队就驻扎在宫廷周围。
作为占领军的首领，拿破仑决定用3种手段统治这个国家：用军事手段“安抚”尚未攻占的地区，然后靠军人总督加以巩固；通过宗教和穆斯林首领管理地方和宗教事务；直接由拿破仑控制的法国人的行政机构进行管理。
这其中最难的是降伏穆斯林教徒，拿破仑一手建立了由9名###长老组成的埃及国务会议，又称行政会议，处理首都开罗r常行政事务和30万人口的公共秩序、税收、公共卫生和粮食供应问题——这使开罗人感到他们是在自己处理自己的事情。
开罗行政会议于7月25r即法军开进开罗城的第三天下午3点举行“宣誓效忠”法国人的仪式，保证“不做任何有损军队利益的事”。拿破仑再三强调要尊重埃及宗教信仰和建立良好的公共关系。行政会议立即开始运作，此后每天下午举行r常工作会议。开罗的新卫戍司令迪皮将军由土耳其人协助负责城市街道和市场的治安。埃及治安机构在该国新近征服的省份逐渐建立起来，不同的是，事实上是任命埃及基督教徒的监督官协助军人总督对埃及人进行管理和开展征收税费等工作，然后又由一名法国籍的替补人做他的助手，以便有朝一r可以顶替军人总督。一共有16名这样的省监督官在开罗总监督官的领导之下工作，总监督官直接受法国人的控制。
除了对国家的军事管制之外，拿破仑在开罗建立了强有力的三人行政委员会，由蒙r、贝托莱和夏尔·马嘉隆组成。他们负责查封马穆鲁克的财产并征收国民税收。与此同时，拿破仑授予他们任命各级官员和委员会分会包括指定监督官的权力。他们三人都因这项耗时的工作而获得了特殊的丰厚报酬，蒙r除了这项工作外还要负责筹建科学院和兼任科学院院长的工作。该委员会十分有效地执行了组织和财产管理以及监督官的任免工作。
法国占领军没收了马穆鲁克的财产，包括他们的成千上万的奴隶，一概作为“国家财产”处理。拿破仑使埃及人民相信：他的政策是尊重埃及的宗教和历史，包括其传统的民事法庭体系；他还保证他们的私人地产将受到尊重，但是要进行一些必要的改良。
法国人目前迫切需要的是现金。蒙r的管理委员会接受了这项压力巨大的工作，对所有政府仓库进行查封，将其中的货物出售换成现金，如果是有用的物品如食物或服装，则充公后在法国军队中发放使用。此外，拿破仑加强征收税费，并大力铸造新币。
第九章 失败的y影（2）
但是，由于易卜拉欣贝伊和穆拉德贝伊已经在7月31r携带着大部分城市的财产逃出，拿破仑发布了一系列的命令，要求首先从这个国家的首富那里征集300万法郎的现金。这些钱还不包括从马穆鲁克手上没收以及从开罗富商（开罗肥皂、白糖和服装市场的垄断商）那里勒索的大量钱财以及r常税收的收入。
拿破仑也没有忘记给法国驻军修建新的兵营，更重要的是，在开罗地区修建4所新的医院，总共有600张病床。随军工程师设计建造了大型的面包烤炉以解决军队的燃眉之急。拿破仑坚持要为军队烤制“质量上乘”的面包。他认为，只要军队能够吃好，就不会再有那么大的牢s了，也不会在外面欺骗和盗窃了。军中的盗窃之风十分猖獗，最头疼的是他们甚至偷盗马匹， 法国骑兵仍然急需大量的战马。有些高级将领的坐骑也被偷走，无处可寻。
拿破仑将德塞的师团部署在吉萨南方的尼罗河上游扎营，准备进攻穆拉德贝伊军；邦将军的师团则镇守开罗，梅努和迪盖的师团在“老开罗” 和尼罗河港口布拉克保护开罗； 雷尼尔