当然我们不仅是最早发现南海并命名的，我们国家对南海也是最先开发的。这一点从各个历史时期的海图上就可以看的出来。1973年12月出土于长沙马王堆三号汉墓中古地图，被历史学家谭其骧命名为《西汉初期长沙国深平防区地形图》，又称《长沙国南部地形图》，简称《地形图》上就可以看到当时的人对南海的地形图的标记。要知道，这地图可是画在汉文帝十二年（公元前168年），那是在2100年之前。到了唐代，中国古代航海家在“南海”这一地理概念外，又增加一个新的地理概念：“西南海”，它泛指今日印、巴大陆南部海域，还包括了今日阿拉伯海。应该指出的是“南海”、“西南海”均是以中国本土为基准，以中国本土为观察中心点，其地理坐标中心是中国，它们都是中国古代航海家——舟师命名的。
到了现代，中国在南海主权的最主要依据是传统疆域线，即“九段线”。
二次大战胜利后，当时的中国政府作为战胜国接收了南海诸岛。1946年，当局有感于南海海域地图混乱，展开了南海划界工作。当时负责划界的一艘军舰名为“永兴”——西沙群岛最大的岛屿永兴岛就因此得名。
1947年，当时的内政部完成了南海划界，确定“九段线（台湾称为十一段线）”。这条线最南到北纬4°的曾母暗沙，奠定了当代中国南海疆界的基本走向。在1947年划界之后，美国、苏联等二战中的战胜国对此不持有异议，1952年，当时的中华民国政府签订的《对日和约》中，日本作为战败国对九段线的领海划分不持异议，并且在接下来的四分之一个世纪，南海周边国家一直也没有提出异议。这就在国际法意义上产生了历史性主权。
不过，这种历史性主权在西方国家大量勘探海底石油天然气资源以后，却遭到了南海域内各国的质疑。环绕南海有中国、文莱、马来西亚、菲律宾和越南等国家它们在听说南海海域有大量的石油和天然气后，完全不顾历史事实，都宣称对南海诸岛其中一部分拥有主权，并在同时，派遣军队或者武装人员占领南海一部分岛屿和礁石。
为此，1974年，在多次劝解无用后，中国人民解放军海军与当时的南越政府之间爆发了西沙海战，中国海军一举收复西沙。
不过，西沙海战却留下了隐患，那就是在南沙群岛上，让南海诸国看到了当时中国海军不能远航的弱点。在20世纪末21世纪初，南海域内诸国利用中国大陆专心发展经济，海军无力远海作战的空隙，大量蚕食中国南沙岛礁。其中占领中国岛礁最多的仍为越南。但是在这个时期下手最狠的却是菲律宾，他们不仅利用一些破船对岛礁进行坐滩，而且趁着中国台湾地区内耗，还将原控制在中国台湾地区手中的中业岛吞并下来。最后一次是2014年，他们竟然宣布黄岩岛为他们的领土，这彻底的惹怒了中国大陆，作为回应，中国政府收回了黄岩岛的实际控制权。2015年，菲律宾就此在美国的支持下搞了一场南海仲裁的闹剧。
中国政府严正声明不接受南海仲裁及其结果。南海问题在美、日等国家的挑唆下开始升温。